Мікрофлора (Від грец. mikroacute-s - малий, маленький і від лат. Flora - богиня квітів і весни) - сукупність різних типів мікроорганізмів, що населяють яку-небудь середовище проживання (грунт, воду, повітря, харчові продукти, організм людини, тварин і рослин тощо) і знаходяться в тісних харчових зв'язках.
За походженням мікрофлора поділяється на автохтонну, постійно присутню в середовищі існування, і Алохтонні (Привнесений) - за типом харчування - на евтрофних мікрофлору (Комплекс мікроорганізмів, що розкладають органічних речовин), Оліготрофні мікрофлору, або мікрофлору розсіювання, завершальну мінералізацію органічної речовини, і літотрофную мікрофлору, яка трансформує мінеральні сполуки гірських порід, гази.
При вивченні мікрофлори враховують фізико-хімічні фактори середовища, кількість, видовий склад мікроорганізмів, число домінуючих видів, які визначають фізіолого-біохімічні процеси в екосистемі. Приміром, в сульфідних рудах окислення обумовлено тионовими бактеріями, в рубці жуйних - анаеробної мікрофлорою, переробної клітковину. Мікроорганізми, що розвиваються на поверхні рослин (епіфітна мікрофлора), метаболизируют виділення їх тканин. Шкіра, слизові оболонки, кишечник і інші органи тварин мають постійну мікрофлору.
Зазвичай у природних субстратах живуть різноманітні мікроорганізми: бактерії, актиноміцети, дріжджі, мікроскопічні гриби і водорості. Кількість мікроорганізмів у середовищі визначають шляхом посіву певної навішування (або об'єму) досліджуваної речовини на щільні, а із застосуванням капілярної техніки - і рідкі поживні середовища. Число колоній, що виростають на щільному середовищі, дає уявлення про кількість мікроорганізмів, що містяться в 1 г або в 1 мл досліджуваного зразка грунту, води та ін.
Широко застосовують також метод прямого рахунку мікроорганізмів: препарат досліджуваної речовини забарвлюють і підраховують під мікроскопом число клітин. Для визначення кількості клітин в рідинах їх фільтрують через мембранні (бактеріальні) фільтри. Цим методом встановлено, що у воді та грунті мешкає набагато більше мікроорганізмів, ніж вважали раніше, грунтуючись на результатах посівів. Залежно від ступеня забрудненості вода містить від 5 до 100 тис. Клітин в 1 мл, в грунті число мікроорганізмів зазвичай досягає 2-3 млрд. В 1 м Шкіра, слизові оболонки, шлунок, кишечник та інші органи тварин і людини постійно служать місцем життя так званої нормальної мікрофлори, не надає помітного шкідливої дії на організм.